Het kantoor van Don Bosco Jonathan is gevestigd in het Don Bosco Huis, aan de Apollolaan in Amsterdam. Het Don Bosco Huis huisvest de projecten van stichting Don Bosco Amsterdam en een aantal van de activiteiten van Don Bosco Jonathan worden ook in het huis georganiseerd. 

Sinds de start in 1995 geeft een vaste groep bewoners,  geïnspireerd door Don Bosco,  inhoud en vorm aan het huis. Gastvrijheid is onlosmakelijk verbonden met het Don Bosco Huis. Regelmatig logeren er mensen uit alle delen van de wereld. Ook is er jarenlang onderdak geboden aan jongeren in moeilijke situaties, zoals jonge uitgeprocedeerde asielzoekers en thuisloze zwangere meiden.

In mei 2013 zal er een internationale woongroep in het Don Bosco Huis worden gevormd. Zij zullen op eigen wijze invulling gaan geven aan de maatschappelijke bestemming van het Don Bosco Huis in Amsterdam.