Don Bosco Jonathan werkt volgens het peer-to-peer principe. Diverse wetenschappelijke studies hebben aangetoond dat de peergroep van jongeren veel invloed heeft op hun persoonlijke ontwikkeling, omdat de onderlinge relaties zijn gebaseerd op gelijkheid, wederkerigheid, samenwerking en intimiteit. Net als de doelgroep, zijn de vrijwilligers die deelnemen aan de activiteiten, tussen de 17 en 27 jaar. De vrijwilligers hebben geen hulpverlenende rol; in het wederzijds contact leren beide partijen van elkaar.

Daarnaast is de filosofie van Don Bosco Jonathan gebaseerd op het preventief pedagogisch systeem van Don Bosco, een Italiaanse katholieke priester die leefde in de 19^de eeuw.